金邊麥冬的根屬于須根系。須根是指由單根或由幾個小根構成的長度不及質地根粗的根。金邊麥冬的根系肉質，粗細不等，表面灰褐色至紅棕色，具縱皺紋及稍扁的須根或支根。質韌，斷面纖維性。老根莖具橫走細根，多分枝，淡黃色，斷面中央有白色木質部。莖單一，淡黃色，中空，具細條紋，節處膨大。葉互生，厚紙質，基部葉橢圓形或寬披針形，長8-15厘米，寬3-5厘米，先端長漸尖，基部寬楔形，上部葉較小，具微齒或全緣；葉柄長1.5-5厘米。花序總梗長1-3厘米；穗狀花序長1.5-5厘米；小穗含3-5朵花；外面的鱗片寬卵形，長約1.5毫米，內面的披針形，長約3毫米；先端具短尖頭，綠色或帶紅褐色。花兩性，萼長約2毫米，三角形，龍骨突不發育；花瓣倒卵形，長約3毫米，較外面的鱗片稍長而寬；雄蕊和花柱伸出于花外。子房卵形，具三棱，連同花柱長約2.5毫米。花期4-6月（秋季）。